Fue así que un facción de Huarpes y otra de Puelches devino en el flamante Mercedes Rugby, que tomo el color rojo de la camiseta de Huarpes – era blanca y roja – y como no gustaba la combinación con el verde de Puelches, alguien mostró la camiseta de San Patricio de Corrientes y de allí se tomo el negro para formar los colores del rojinegro mercedino.
Las primeras participaciones fueron complicadas ya que, como todo grupo nuevo, había diferencias entre los integrantes, logrando participación en varios amistosos hasta que llego la oportunidad de jugar en la desaparecida Unión Mediterránea, en 2001. Un quinto puesto en la dura competencia hizo tomar mas en serio la preparación para el próximo año que tuvo a Mercedes Rugby como protagonista, a tal punto que a la postre resulto campeón de ese torneo en 2002.
Con la mayor presencia del rugby en San Luis y con la decisión de la diri-gencia por ese entonces, Mercedes Rugby formo parte de la fundación de la Unión de Rugby de San Luis en 2003 y ese mismo año inauguro su cancha en Sociedad Rural Río V. En ese escenario y ante FICES, se jugo el primer partido oficial de la reciente Unión de San Luis el 24 de junio de 2004, campeonato que también logro Mercedes Rugby de manera invicta. También se obtuvo el circuito de seven de la Unión.
Los mercedinos hicieron latente su crecimiento y a fines de ese año, se convirtieron en el primer club de San Luis que participo en una competencia a nivel nacional, en el Seven de Campeones que organizara Liceo R.C. de Mendoza. Allí se produjo otro hecho histórico, ya que los rojinegros enfrentaron a Old Boys de Uruguay, constituyendo así el primer partido de un club de la Unión de San Luis con un representante extranjero.
Con mayor experiencia y compromiso, el 2005 marco un nuevo logro con la obtención del campeonato de la Unión de San Luis, titulo que repitió en 2006, repitiendo en ambos años la obtención del circuito de seven de San Luis.
En 2007, el boom del Mundial de rugby hizo que muchos niños y jóvenes se acercaran al club, dándole el respiro necesario ante la falta de divisiones inferiores que lo aquejaba desde su inicio.
Este 24 de marzo, Mercedes Rugby redobla el compromiso de crecimiento a través de la práctica del rugby, con la intención de perdurar en el tiempo y en la historia del deporte de Villa Mercedes.
